Um bloco pode conter milhares de transações, mas o seu cabeçalho tem só 80 bytes. A raiz Merkle é como se compromete com todas elas em 32 bytes.
Como é construída
Pegue no txid de cada transação. Emparelhe-os e faça o hash de cada par com SHA-256 duplo. Emparelhe os resultados e repita até restar um hash: a raiz. Se um nível tiver um número ímpar de elementos, o último é emparelhado consigo mesmo.
Por que é útil
Para provar que uma transação está num bloco só precisa dos hashes ao longo do seu ramo, cerca de log2(n). Para um bloco com 4.000 transações, são só 12 hashes. O white paper de Satoshi chamou a isto Simplified Payment Verification (SPV).
Uma peculiaridade conhecida
Como o último elemento é duplicado, duas listas de transações diferentes podem produzir a mesma raiz. Esse foi o bug CVE-2012-2459, e o Bitcoin Core rejeita agora blocos que contenham transações duplicadas desta forma.